Himno de la Institución
Historia del himno
Se le encomendó la tarea de hacer la letra al profesor Alfonso Ulloa Zamora y la música al profesor Ricardo Sáenz Camacho ambos profesores de la Institución.
Después de un amplio estudio, el Consejo en su sesión del día 9 de marzo de 1966 apareció la letra y la música de los citados, profesores, crearán dosis así el himno de la Institución, el cual se cantó por primera vez el 2 de abril de 1966, con motivo del bautizo oficial de la misma.
Conviene agregar también que durante el Acto de Clausura del curso de 1985, el 18 de diciembre, y con motivo de un homenaje a los profesores Oldemar Hernández Sáenz y Ricardo Sáenz Camacho; se estrenó la Marcha del Liceo Samuel Sáenz Flores, composición musical también del profesor Sáenz Camacho. En esta misma ocasión se reveló la fotografía de este profesor, la cual habrá de acompañar a la del Lic. Alfonso todo Ulloa Zamora para que de este modo los alumnos, al menos en imagen, conozcan a los autores de estos símbolos que con su poesía y música inspiren el quehacer educativo de la Institución.


Himno del Liceo
Letra: Prof. Alfonso Ulloa Zamora Música: Prof. Ricardo Sáenz Camacho
Como erial juvenil donde reinan el saber, la bondad y el amor nuestro bello colegio de Heredia eva el nombre de un justo varón.
Del Maestro Samuel Sáenz Flores gloria viva de nuestra nación en los campos de esfuerzos y estudios de honradez y constante labor.
Oh Liceo, mi casa querida! ¡Oh colmena de estudio y de amor! nos conduce muy alto, muy alto en la ruta de espléndido sol.
Nuestro bello colegio de Heredia lleva el nombre de un justo varón del maestro Samuel Sáenz Flores gloria viva de nuestra nación.
bis
